Роль диска ВМ выполняет пара файлов - <vm-name>.vmdk и <vm-name>-flat.vmdk.
Именно в последнем содержаться те данные, что лежат на диске виртуалки.

Притом, этот файл по умолчанию создается предразмеченным - т.е. под него резервируется все место, которое он может занять. Т.о., если вы создали диск для ВМ и его размер указали в 40 ГБ, все 40 ГБ на VMFS разделе у окажутся занятыми сразу.
(Отступление в сторону - если vmdk создается на NFS разделе, то именно на NFS он сразу создается в формате "thick" - "растущий" по факту, с нулевым начальным размером. Так же, можем в этом формате создавать vmdk и на VMFS - но сейчас только с помощью командной строки, не из GUI. Подробнее тут - Типы дисков(vmdk файлов))

Так вот. Теперь, с ВМ мы можем сделать снапшот. Это - снимок состояния, фиксация текущего состояния этой ВМ, на которое можно вернуться потом.
Технически это означает следующее:
файл <vm-name>-flat.vmdk переводится в режим только чтения.
Создается файл <vm-name>-delta0001.vmdk, и в эту дельту начинают писаться те блоки, которые меняются относительно исходного файла. Т.е. по умолчанию дельта размера 0, а потом начинает расти. Растет она блоками по 16 МБ. Это не очень хорошо, потому что для каждого увеличения генериться SCSI reservation. Один SCSI reservation - это нормально, но если они будут генериться часто - это приведет к снижению производительности дисковой подсистемы.

Если спустя еще какое то время сделать еще один снапшот, то теперь в режим только чтение переводится и <vm-name>-delta0001.vmdk, и появляется файл <vm-name>-delta0002.vmdk. Во вторую дельту начинают писаться те блоки, которые меняются относительно <vm-name>-flat.vmdk+<vm-name>-delta001.vmdk.

Файл <vm-name>-delta000Xvmdk не будет размером больше, чем номинальный размер диска ВМ.
В моем примере это 40 ГБ.

ВАЖНО!
Для функционирования ВМ нужны все vmdk файлы - и основной, -flat.vmdk, и все файлы-дельта. Не уподобляйтесь персонажу отсюда.

---

На что стоит обратить внимание:

ВМ с диском в 40 ГБ реально на VMFS разделе может занимать до 40*(кол-во снапшотов + 1) гигабайт места. Каждая такая ВМ.
Притом, есть мнение, что в некоторых случаях файлы дельты могут расти достаточно активно при практически нулевой активности с диском ВМ. Ведь даже тогда, когда вы или приложение ничего не меняете на диске виртуалки, там есть файл подкачки, к примеру - который меняется => растет дельта.

Так же крайне не рекомендуется делать дефрагментацию ВМ со снапшотами - ибо вырастет дельта, и вырасти она может сильно.

Удаление снапшота размером в 100ГБ может занимать 3-6 часов.

Расширять диск ВМ имеющей снапшоты - плохая идея. Увеличить размер диска можно командой vmkfstools -X или из GUI(начиная с 3.5 версии ESX). Так вот, скорее всего, ВМ больше не стартует, если расширение диска было произведено при имеющихся снапшотах. Как чинить - Top Support Issues and How to Solve Them - Batch 2.

Если есть желание, чтобы диск ВМ был неподвержен снапшотам, то в его свойствах выберите "Independent ". Кстати, если ВМ имеет "Independent " диски, то в снапшот не может быть включена ее память.

---

Следующая проблема. которая может перед вами встать - это удаление снашотов.
Если у ВМ есть несколько снапшотов, и вы нажали кнопку "Delete all", то
сначала последовательно сольются все дельты, потом они добавяться к <vm-name>-flat.vmdk. И только после этого удаляться. И на все это вам должно хватить свободного места.
Пример:

1. VM1-flat.vmdk (40ГБ)
       VM1-001-delta.vmdk(5ГБ) + VM1-002-delta.vmdk(7ГБ) = 12 ГБ. Это максимум, в реальности сумма может быть меньше. А может и не быть.
   
           VM1-002-delta.vmdk(7ГБ)
               Всего занято до 59ГБ
2. VM1-flat.vmdk (40ГБ) + VM1-001-delta.vmdk(5ГБ) + VM1-002-delta.vmdk(7ГБ) = 40 ГБ.
   

   Т.к. в дельтах те же самые блоки. только измененные, то они пишутся поверх тех, что есть в  flat  файле. Его размер никогда не превысит номинальный.
   

       VM1-001-delta.vmdk(5ГБ) + VM1-002-delta.vmdk(7ГБ)

           VM1-002-delta.vmdk(7ГБ)

               Всего занято до 59ГБ
3. VM1-flat.vmdk (40ГБ)

               Всего занято 40ГБ

Т.е. для применения всех снапшотов вам может потребоваться место сверх занятого - порядка до 5ГБ в моем примере. После окончания применения оно освободиться.

---

Если такой вариант вам не подходит, потому что от снапшотов надо избавиться срочно, а места на ЛУНе взять неоткуда, то можно пойти другим путем:

• Клонировать ВМ в другое хранилище(Datastore). Если у вас версия ниже, чем VI 3.5 Update 2, это потребует ее выключения. У клона снапшотов не будет.
  Правда, иногда бывает глюк, и при клонировании все снапшоты корректно не применяются(для клона). Но эта ситуация описана в KB VMware:
  

  If a clone through the VMware Infrastructure 3 client did not commit the snapshots; you can try to export the disk with vmkfstools to recreate the virtual machine:

  1. Run the following command to create a directory for the new disk:

  [root@bs-tse-d06 RHEL5]# mkdir /vmfs/volumes/openfiler-iscsi/new_RHEL5

  2. Run the following command to point vmkfstools at the last snapshot file:

  [root@bs-tse-d06 RHEL5]# vmkfstools -i RHEL5-000001.vmdk /vmfs/volumes/openfiler
  iscsi/new_RHEL5/new_RHEL5.vmdk

  Destination disk format: VMFS thick
  Cloning disk ‘RHEL5-000001.vmdk’…
  Clone: 3% done
  [root@bs-tse-d06 RHEL5]#

  3. Recreate the machine. Select Use an existing virtual disk.

• Еще один путь - по сути, то же клонирование, но "изнутри" ВМ. Делаем еще одну ВМ, исходную загружаем с live CD Ghost\Acronis или чего то другого для работы с образами, и переливаем образ из ВМ со снапшотами, в ВМ без снапшотов. Этим путем, кстати, можно уменьшить размер диска - если на исходной ВМ мы задали размер диска больше, чем реально надо.
  
  
• Наконец, можем из этой ВМ сделать еще одну ВМ, уже без снапшотов, с помощью VMware Converter.

---

Еще при создании снапшота создаются:
*.vmsd файл - файл с описание этого снапшота.Содержит snapshot display name, unique identifier (UID), disk file name, и т.д.
*.vmsn файл - файл с оперативкой ВМ на момент снятия снапшота (если она была включена, и вы указали что память нужно сохранить). Если память сохранена, то при возвращении к этому снапшоту ВМ окажется в работающем состоянии.
Важно: если объем памяти ВМ равен 3 ГБ, у нее сделано 4 снашота с сохранением памяти - то это еще 12 ГБ места на VMFS разделе.

Можно создавать снапшоты из командной строки, командой "vmware-cmd createsnapshot".
Синтаксис примерно такой:
 "vmware-cmd myvm1.vmx createsnapshot snap1 'before upgrade' 1 1"
Две последнии позиции - это ответы на вопросы - делать ли "quiesce" дисков ВМ, и сохранять ли ее память. 1= да, 0= нет.
Так же есть команды "vmware-cmd removesnapshots" и "vmware-cmd revertsnapshot".

---

Очень важная для траблшутинга снапшотов статья - Устройство снимков виртуальных дисков в VMware VI3.