В зависимости от чего мы используем RDM или VMFS\vmdk:

• в большинстве случаях RDM быстрее. Правда, разница невелика. Данные по сравнению приведены тут - Performance Characterization of VMFS and RDM Using a SAN. Так что, имхо, по этому соображению RDM надо выбирать если нас интересует абсолютный максимум скорости - но выбирать надо как следует потестировав. В некоторых случаях, RDM оказывается и медленнее.
  
• VMFS удобен тем, что нам проще настраивать SAN. Если у нас VMFS, то на одном LUN работают несколько(много) ВМ, притом с разных хостов. В случае RDM у нас на каждый диск - по отдельному LUN. Т.е. их(LUN) количество будет велико.
• RDM необходим для кластеров v2v (между ВМ) или v2p(одна нода - ВМ, вторая - физический сервер). Тут без вариантов - если нужен такой кластер(MSCS часто используется), то RDM нам необходим.
• В случае RDM у нас нет инкапсуляции. Если у вас есть какая нибудь БД размером в террабайт другой, не факт, что вам понравиться идея засовывать ее внутрь файла vmdk. Лишнее усложнение - меньшая надежность.(Поймите меня правильно - VMFS\vmdk вполне надежен, но есть мнение, что вот в таких больших случаях лучше не рисковать даже в малости).
• В случае RDM мы можем использовать средства SAN для бекапа и снапшотов данных ВМ. Если наш SAN умеет что то такое.
  
  Примерно вот так.

---

Несколько нюансов:

RDM может делаться в двух вариантах - "physical" и "virtual". pRDM и vRDM.
Отличаются они тем, что в первом случае гипервизор не перехватывает и не обрабатывает SCSI команды от ВМ к диску.
В следствии этого, pRDM немного быстрее. pRDM необходим для общих дисков в случае кластера типа MSCS.
Но в режиме vRDM работаю снапшоты ESX, как следствие - VCB.
VMotion, DRS, HA - работают и при vRDM и при pRDM.
VCB работает только для vRDM - т.к. ему необходимы снапшоты, невозможные для pRDM.

Если вы используете RDM - вас поджидает опасность.
Заключается она в том, что если какой то LUN как RDM подключен к ВМ на ESX1, то ESX2,ESX3,..,ESXn воспринимают этот LUN как незадействованный, и позволяют его задействовать. Отформатировав в VMFS. Т.е., уничтожив все данные на нем. А спрятать этот LUN от прочих хостов нельзя, если нам нужны возможности VMotion, DRS, HA для этой ВМ.